L’histoire du SPI est étroitement liée au concile Vatican II. Les responsables ecclésiaux prirent de plus en plus conscience qu’une Eglise présente au monde moderne se devait de connaître le monde moderne. A l’initiative d’Urs Cavelti, docteur en droit, alors président du Conseil administratif (exécutif de l’organisation des catholiques du canton de St-Gall) et d’Ivo Fürer, docteur en théologie et alors vicaire épiscopal, le Collège catholique (parlement des catholiques saint-gallois) pris la décision, lors de sa séance du 18 juin 1968, de fonder l’Institut suisse de sociologie pastorale (SPI selon le sigle allemand) dont le siège serait à St-Gall. Son mandat est formulé ainsi dans l’acte fondateur de 1968 : l’Institut a pour objectif d’une part d’examiner et de clarifier les interdépendances entre le contexte sociétal et la vie religieuse et ecclésiale et, d’autre part, de tirer profit des connaissances scientifiques pour développer la pratique pastorale.
Parallèlement à la fondation de l’Institut, une convention définissant la participation de la Conférence des évêques suisses (CES) à ce dernier fut adoptée. Le bureau de la Commission de planification pastorale, aujourd’hui la Commission pastorale, fut donc basé à l’Institut, ce qui créa et crée encore des liens étroits entre la recherche et l’intégration des acquis scientifiques dans les développements pastoraux en Eglise. L’Institut est unique dans la sphère germanophone de par cette double perspective qu’il poursuit. Actuellement, l’Institut est financé par le « Kath. Konfessionsteil des Kantons St. Gallen » et la Conférence centrale catholique romaine (RKZ).