Die Geschichte des SPI steht in engem Zusammenhang mit dem II. Vatikanischen Konzil. Unter den Verantwortlichen der Kirche wuchs das Bewusstsein, dass für eine Kirche in der modernen Welt fundierte Kenntnisse über diese moderne Welt notwendig sind.

Auf Initiative von Dr. Urs Cavelti, dem damaligen Präsidenten des Administrationsrats (Exekutive der KatholikInnen des Kantons St. Gallen) und vom damaligen Bischofsvikar des Bistums St. Gallen, Dr. Ivo Fürer, beschloss das Katholische Kollegium (Parlament der KatholikInnen) in seiner Sitzung am 18. Juni 1968 die Gründung des Schweizerischen Pastoralsoziologischen Instituts (SPI) mit Sitz in St. Gallen.

Das Gründungsstatut aus dem Jahre 1968 formuliert den Auftrag des Instituts folgendermassen: „Der Zweck des Instituts ist die Abklärung und Erforschung der gesellschaftlichen Verhältnisse in ihren Bezügen zu religiös-kirchlichem Leben und die Auswertung wissenschaftlicher Erkenntnisse für die seelsorgerische Praxis“.

Mit Gründung des Instituts wurde gleichzeitig eine Vereinbarung über die Beteiligung der Schweizer Bischofskonferenz (SBK) am Schweizerischen Pastoralsoziologischen Institut geschlossen. Die Geschäftsstelle der Pastoralplanungskommission, heute Pastoralkommission, der SBK erhielt dadurch seinen Sitz im Institut. Damit wurde und wird eine enge Verbindung zwischen Forschung und Umsetzung der Forschungsergebnisse für die kirchlich-pastorale Entwicklung gewährleistet. In dieser doppelten Ausrichtung ist das Institut einmalig im deutschsprachigen Raum.

Heute wird das Institut vom Katholischen Konfessionsteil St. Gallen und von der Römisch-Katholischen Zentralkonferenz (RKZ) finanziell getragen.